Enpara, sunduğu dijital bankacılık hizmetleri ile dikkat çekse de bazı önemli dezavantajları da bulunmaktadır. Kullanıcılar için en kritik sorunlardan biri, asgari ödeme yapıldığında ortaya çıkan yüksek ceza faizleridir. Bunun yanı sıra, çeşitli kampanyaların ve ek hizmetlerin eksikliği, kullanıcılara sınırlı bir deneyim sunmaktadır.
Enpara'nın en büyük dezavantajı olarak asgari ödeme yapıldığında uygulanan yüksek ceza faizi gösterilmektedir .
Diğer dezavantajlar arasında ise uçuş mili kazandıran bir kampanyanın olmaması, ek kart özelliğinin bulunmaması ve online alışverişlerde sanal kart uygulamasının kullanılamaması yer almaktadır .